武漢大學(xué)新聞網(wǎng)近日訊生命科學(xué)學(xué)院周宇教授和朱玉賢院士課題組在錦葵科植物功能基因組學(xué)數據庫建設方面聯(lián)合取得的最新研究成果。該成果已經(jīng)發(fā)表在國際知名期刊Nucleic Acids Research（《核酸研究》，影響因子11.147）上，獲得了國內外生物學(xué)研究人員的廣泛關(guān)注。

在植物基因研究中，所采用的培養器皿需要使用純水進(jìn)行沖洗，水質(zhì)中多余的雜質(zhì)對實(shí)驗的影響非常大，一般都是采用純水機制取純水進(jìn)行實(shí)驗。武漢大學(xué)各學(xué)院都擁有多臺滲源純水機，因為在武漢大學(xué)的研究院進(jìn)行每一項課題研究都需要使用純水為日常和設備的用水，不論是清洗器皿還是進(jìn)入一些精密儀器都需要優(yōu)質(zhì)的水質(zhì)，不然很容易影響實(shí)驗數據和設備的使用壽命。

而真正到實(shí)驗臺上，在進(jìn)行日常的植物基因分析中，都需要使用超純水作為細胞培養液的基本組成物質(zhì)，而這類(lèi)實(shí)驗中，水質(zhì)所含物質(zhì)中真菌以及病毒等微生物都需要嚴格控制，水中的礦物質(zhì)也需要根據實(shí)驗需求進(jìn)行管控，所以基因實(shí)驗基本都需要使用超純水機，而滲源就是武漢大學(xué)設備的優(yōu)質(zhì)提供廠(chǎng)家。

實(shí)驗內容詳細解析：

論文題為“MaGenDB: a functional genomics hub for Malvaceae plants（MaGenDB：錦葵科植物功能基因組學(xué)集成數據庫）”。生命科學(xué)學(xué)院博士研究生王得和、樊偉良和郭曉龍為論文共同第一作者，周宇教授、朱玉賢院士和王坤副研究員為論文的共同通訊作者。該工作得到了國家自然科學(xué)基金、科技部、武漢大學(xué)自主科研交叉學(xué)科等項目的資助。

錦葵科是植物界重要的一個(gè)分支類(lèi)群，包括許多重要的經(jīng)濟作物，如種子和莖皮纖維來(lái)源的棉花和黃麻、制造可可粉和“巧克力糖”原料的可可、熱帶著(zhù)名“水果之王”榴蓮、觀(guān)賞花卉植物木槿和優(yōu)良木材來(lái)源的椴樹(shù)等。隨著(zhù)全球越來(lái)越多錦葵科植物基因組的陸續解析，及相關(guān)轉錄調控等高通量數據的積累，研究者迫切需要一個(gè)能夠整合基因組、表觀(guān)修飾組、轉錄組和蛋白質(zhì)組等多層次數據的比較工具，對植物特異科屬的特定生物學(xué)過(guò)程或基因家族的基因序列、結構、轉錄調控等進(jìn)行比較分析。

為此，周宇、朱玉賢、王坤等專(zhuān)家合作共同構建了首個(gè)錦葵科植物功能基因組學(xué)網(wǎng)站-MaGenDB (http://magen.whu.edu.cn)。截至目前，MaGenDB共收錄了錦葵科9個(gè)屬共13個(gè)物種的基因組以及相應的全基因組關(guān)聯(lián)分析位點(diǎn)（GWAS）和單核苷酸變異位點(diǎn)（SNP）信息；收錄并處理了包括RNA-seq和蛋白質(zhì)譜等在內的9種共374套組學(xué)數據；預測鑒定出2485萬(wàn)個(gè)不同類(lèi)型的功能元件、2897萬(wàn)個(gè)基因共線(xiàn)性關(guān)系以及1.7億個(gè)蛋白-蛋白相互作用對。該數據庫獨立設計并開(kāi)發(fā)出多種可視化組件與基因組在線(xiàn)比較工具，并通過(guò)有效關(guān)聯(lián)將不同類(lèi)型的數據有機整合到了一起，為用戶(hù)提供了友好的數據檢索、下載和在線(xiàn)分析服務(wù)。

該工作也是兩個(gè)研究團隊繼不久前剛剛在自然子刊Nature Communications（《自然•通訊》）合作發(fā)表有關(guān)亞洲棉的精細轉錄組圖譜工作之后，所取得的又一個(gè)重要研究成果。

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